相続した不動産売却で税金はどうなる？知っておきたいポイントをまとめて紹介

相続した不動産を売却する際にかかる税金の種類と基本構造

相続した不動産を売却する際、主にかかる税金は「譲渡所得税（所得税および住民税）」と「印紙税」、さらに「登録免許税」（相続登記の際に発生）です。

譲渡所得税は、「譲渡収入金額―（取得費＋譲渡費用）」で譲渡所得を算出し、そこから特別控除額を差し引いた課税譲渡所得に税率をかけて計算します。たとえば、取得費が不明な場合には売却代金の５％を取得費として仮計算する方法も認められています。税率は保有期間によって異なり、所有期間が５年以下なら約３９.６３％、５年超であれば約２０.３１５％が目安です。

印紙税については、不動産売買契約書に貼る収入印紙の税で、契約金額に応じた金額が必要です。現在は、令和９年（２０２７年）３月３１日までの間、軽減税率が適用されており、例えば売買価格が１千万円超～５千万円以下の場合、印紙税は１万円となります。

そして、相続登記の際にかかる登録免許税は、評価額の０.４％が原則ですが、相続登記が義務化された背景もあり、一定条件を満たせば免税措置の対象となる場合もあります。たとえば、土地の価額が１００万円以下、または後で相続登記をしなかった一次相続人が死亡した場合などには、令和９年３月３１日まで免税となることがあります。

どの税金も正確に把握し、節税可能な控除や免税措置が使えるかを判断することが大切です。

譲渡所得税の特例制度と適用のタイミングに関するポイント

相続した不動産を売却する際、譲渡所得税の負担を軽減できる代表的な特例には、「居住用財産の三千万円特別控除」と「取得費加算の特例」があります。それぞれの制度には適用条件と期限が定められており、どちらが有利か判断することが重要です。

まず「居住用財産の三千万円特別控除」についてです。この特例は相続により取得した居住用財産について、譲渡所得から三千万円を控除できる制度です。対象となるのは被相続人が居住していた家屋や敷地で、譲渡の時期にも要件があり、相続開始から一定期間内（たとえば相続後三年を経過する日の属する年の年末まで）に売却する必要があります。また、昭和五十六年五月三十一日以前建築の耐震基準を満たさない建物については、耐震改修や解体等の要件を満たす必要があり、必要書類も厳格になっています。

一方、「取得費加算の特例」とは、相続税の申告期限（通常は相続開始の翌日から十か月以内）後、翌日から三年以内（相続開始から三年十か月以内ともいわれる）に売却した場合に、支払った相続税の一部を取得費に加算できる制度です。この結果、譲渡所得が減少し、譲渡所得税の節税につながります。ただし、相続税の納付があることが適用要件となります。

なお、この二つの特例は同時には使えません。どちらが節税上有利かは、譲渡価格や取得費の状況、相続税の額など具体的条件に応じて異なるため、事前に計算・判断が求められます。

以下に、それぞれの特例の概要と適用要件を整理した表を掲載いたします。

売却をご検討される場合は、各特例の適用要件に合致するか、またどちらの制度によって節税効果が大きいかを、早めに確認することをおすすめいたします。

売却時期や手続きによる税負担の影響と注意点

相続した不動産の売却時期によって、税負担に大きな違いが生じます。まず、譲渡所得税に関しては「被相続人の取得日」から所有期間を通算して計算するため、相続した直後でも被相続人が長期保有していれば「長期譲渡所得」の税率（20.315％）が適用され、有利になります。一方、所有期間が5年以下と判断されると「短期譲渡所得」の39.63％がかかり、税率はほぼ倍になりますので、売却時期の見極めが非常に重要です。なお、所有期間の判定は売却した年の1月1日時点で行われることにも注意が必要です。

さらに、令和6年（2024年）4月1日から「相続登記」が義務化され、相続を知った日または遺産分割が成立した日から3年以内に登記しなければ、正当な理由がなく過料（10万円以下）が科せられる可能性があります。このため、登記を速やかに進めることは義務であるのみならず、売却の前提としても避けられない手続きです。

加えて、税負担の軽減につながる「取得費加算の特例」や「居住用財産の特別控除」などの制度を受けるためには、確定申告時に必要書類を添付して意思表示することが不可欠です。たとえば、取得費加算の特例は、相続税を支払った不動産を相続税の申告期限の翌日から3年以内に売却した場合に適用され、取得費に相続税相当額を加算できます。このような特例を適切に活用するためには、売却時と申告時の手続きを漏れなく行うことが重要です。

早期売却のメリットと保有リスクへの留意点

相続した不動産は、早めに売却することで固定資産税や維持管理費の負担を避けられます。特に、空き家として放置すると毎年かさむ固定資産税や清掃・補修費などが大きな負担になりますので、できるだけ早く対策を講じることが重要です。

実際に、長期間放置された空き家では湿気やシロアリ被害が進行し、築年数が経過するほど資産価値が低下する傾向にあります。例えば、築30年の家屋を2年間放置した結果、売却価格が大幅に引き下げられ、解体前提となる買取に切り替えられた例もあります。

また、空き家として放置されると「特定空き家」に指定される恐れがあります。これに該当すると、住宅用地としての税軽減がなくなり、固定資産税が最大６倍になるケースもあります。したがって、早期売却によりこうした税負担の増加を防ぐことができます。

さらに、税制上の優遇を受けるには売却時期が重要です。「空き家の特例」や「取得費加算の特例」は、相続から３年以内の売却が前提条件となっています。早期に手続きを進めることで、譲渡所得から３０００万円の特別控除や相続税分を取得費に加える制度の適用を受けやすくなります。

一方で、売却を急がずにいると、資産価値は時間経過とともに目に見えて低下します。また、税制改正の可能性にも注意が必要です。「空き家特例」の適用期限延長や要件の変更など、今後の動向を把握しながら売却時期を判断することが望ましいです。

まとめ

相続した不動産を売却する際には、譲渡所得税や印紙税、登録免許税など、複数の税金が関係します。また、特例制度や申告期限を正しく理解し、適用条件や必要書類を早めに準備することで、不要な税負担を避けることができます。早期に売却することで管理負担や将来のリスクを減らせる一方で、売却のタイミングや申請手続きが節税に直結します。今回の内容を参考に、確実に手続きを進めることが大切です。